Сперва весной 2020 года ему инкриминировали хищение имущества НИИ по данным следствия, Краснов необоснованно списал почти новую офисную мебель стоимостью 1,6 млн рублей.
После этого мебель досталась частной клинике, в числе соучредителей которой значились близкие Краснова. Пока дело по данному эпизоду готовилось к передаче в суд, следователи решили проверить закупки медицинских изделий для НИИ. Итогом этого стало ещё одно уголовное дело. По версии следствия, на протяжении восьми лет институт заключал контракты с коммерческой компанией по неконкурентным ценам, что позволило той получить необоснованный доход в размере 124,6 млн рублей, Владимир Краснов признал вину и заключил досудебное соглашение о сотрудничестве со следствием.
Тем временем прокуратура попросила суд изъять и обратить в доход государства имущество профессора, которое, вероятно, было куплено на неподтверждённые доходы. Речь идёт о 13 объектах недвижимости стоимостью 42 млн рублей.